Abychom mohli server Knot DNS spustit, je třeba mu předložit nějakou konfiguraci. Konfigurace může být ve formě textového souboru nebo binární databáze. Pokud konfiguraci explicitně nezadáme, pokusí se démon použít konfiguraci z přednastaveného umístění, které je určeno při překladu programu. Nejprve se zkouší konfigurační databáze (většinou /var/lib/knot/confdb) a pokud neexistuje, zkouší se konfigurační soubor (většinou /etc/knot/knot.conf). Konfigurací může být prázdný soubor nebo prázdná databáze. Kromě démona knotd, využívá konfiguraci i nástroj knotc na ovládání démona, nástroj keymgr na správu DNSSEC a další.